O principal objetivo do Programa Internacional de Doutoramento em Neurociências (PIDN) é conferir aos doutorandos um vasto conjunto de competências necessárias à condução de investigação científica de topo na área das Neurociências. Para tal, o programa divide-se entre um ano inicial de formação intensiva e, na fase seguinte, o desenvolvimento de projeto de investigação que conduzirá à submissão de uma tese de Doutoramento. A formação inicial visa construir alicerces para o desenvolvimento posterior do trabalho inovador e interdisciplinar em Neurociências, básica ou aplicada, focalizando-se nos sistemas neuronais que estão na base do comportamento observável. Para além da formação teórica (aulas e seminários), dá-se grande destaque ao ensino prático que se desenrola em grupo com o objetivo de fomentar o trabalho em equipa.
Globalmente, o PIDN promove a aquisição de cultura científica e de investigação, baseada em autonomia de pensamento e de iniciativa, abertura e cooperação.