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Corpo Docente

José Cruz
José Cruz

Informação Geral

Categoria Académica: 
Professor Auxiliar
Departamento Cientifico-Pedagógico: 
Biociências
Unidade de Investigação: 
Scientific Software Lab at Champalimaud Foundation

Qualificações Académicas

Doutoramento em Bioinformática, Universidade de Estrasburgo, França (2011)

Interesses de Investigação

Bioinformática

 

Desenvolvimento de software

 

Bases de dados biológicas

 

Biologia Estrutural

Principais Publicações

Miao, Z., Adamiak, R. W., Blanchet, M. F., Boniecki, M., Bujnicki, J. M., Chen, S. J., Cheng, C., Chojnowski, G., Chou, F. C., Cordero, P., Cruz, J., Ferré-D'amaré, A. R., Das, R., Ding, F., Dokholyan, N. V., Dunin-Horkawicz, S., Kladwang, W., Krokhotin, A., Lach, G., Magnus, M., Major, F., Mann, T. H., Masquida, B., Matelska, D., Meyer, M., Peselis, A., Popenda, M., Purzycka, K. J., Serganov, A., Stasiewiccz, J., Szachniuk, M., Tandon, A., Tian, S., Wang, J., Xiao, Y., Xu, X., Zhang, J., Zhao, P., Zok, T., & Westhof, E. (2015). RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures. RNA, 21(6), 1066-1084. doi: 10.1261/rna.049502.114

 

Abril-de-Abreu, R., Cruz, J., & Oliveira, R. F. (2015). Social eavesdropping in zebrafish: tuning of attention to social interactions. Scientific Reports, 5(1), 1-7. doi: 10.1038/srep12678 

 

Gabaldón, T., Martin, T., Marcet-Houben, M., Durrens, P., Bolotin-Fukuhara, M., Lespinet, O., Aguileta, G., Arnaise, S., Atanassova, R., Bouchier, C., Couloux, A., Creno, S., Cruz, J.A., Devillers, H., Enache-Angoulvant, A., Guitard, J., Jaouen, L., Ma, L., Marck, C., Neuvéglise, C., Pelletier, E., Poulain, J., Westhof, E., Wincker, P., Dujon, B., Hennequin, C., Fairhead, C. (2013). Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade. BMC Genomics, 14, 623. doi: 10.1186/1471-2164-14-623 

 

Cruz, J.A., Blanchet, M.F., Boniecki, M., Bujnicki, J.M., Chen, S.J., Cao, S., Das, R., Ding, F., Dokholyan, N.V., Flores, S.C., Huang, L., Lavender, C.A., Lisi, V., Major, F., Mikolajczak, K., Patel, D.J., Philips, A., Puton, T., Santalucia, J., Sijenyi, F., Hermann, T., Rother, K., Rother, M., Serganov, A., Skorupski, M., Soltysinski, T., Sripakdeevong, P., Tuszynska, I., Weeks, K.M., Waldsich, C., Wildauer, M., Leontis, N.B., Westhof, E. (2012). RNA-Puzzles: A CASP-like evaluation of RNA three-dimensional structure prediction. RNA, 18, 610-625. doi: 10.1261/rna.031054.111.

 

Cruz, J.A., Westhof, E. (2011). Sequence-based identification of 3D structural modules in RNA with RMDdetect. Nature Methods, 8, 513-519. doi: 10.1038/nmeth.1603